Thompson nace el 4 de febrero de 1943 en Nueva Orleans, Luisiana . Como hijo de un oficial de la marina, Ken pasa sus primeros años como “navy brat”, término habitual para referirse a hijos de militares que por motivo de trabajo tienen que desplazarse de base en base.
A la edad de 17 años se diploma en ciencias, y un año después, en 1966, Ken recibe un master, ambos en Ingeniería eléctrica en la Universidad de California, en Berkely (UCB).
